表の列をヘッダーセルに設定することはできますか？

こんにちは！
テーブルは「Flexible Table Block」のプラグインを使われていますでしょうか？

なるほど！
一応JIN:Rでは標準ブロックのテーブルの仕様は推奨しておらず、「Flexible Table Block」を推奨しております。

// 【横スクロール対応】 表（テーブル）作成プラグイン「Flexible Table Block」のおすすめ設定
https://jinr.jp/manual/flexible-table-block/

これで行くと、ある程度は解決できるかと思います。
まずセル結合に関しては、結合したいセルをCtrlを押しながら選択し、ツールバーのテーブルアイコンから「セルの結合」を選択するとセル結合ができます。

>テーブルのヘッダーセルを1列目にしたり、2行目までにしたりしたいのですが、可能でしょうか？

２行目までヘッダーセルにするというのは難しいかと思いますが、1列目にヘッダーセルを持ってくることは擬似的には可能かと思います。
列を選択している状態でブロック設定の「固定制御」を「最初の列を固定」に設定し、1列目のセルの背景色を変更することで近づけることは可能かと思います！

>すでに入力されているテーブルのセルを任意でヘッダーセルに設定できる方法があればありがたいです。

この状況がちょっと理解できていないのですが、何行目何列目にあるセル等にはかかわらず設定するとそれをヘッダーセルに移動させるということであってますか？

ご連絡遅くなりました。

>また、表のセルの列幅やが設定されていない場合は均等になるようにJIN：R側の仕様ではなっているのでしょうか？

これはどちらかというとプラグイン側の仕様になるかと思います！

>表示時に列幅を文字幅に合わせて自動で調整できるようにしたいのですが、可能でしょうか？
自動ではなかなか難しいかと思います。
その都度文字幅ごとに手動で設定が必要になってくるかと思います！